Víťazom kvalifikácie na Veľkú cenu Malajzie v Sepangu sa stal rovnaký pilot, ktorý vyhral aj kvalifikáciu pred týždňom v Austrálii: Jenson Button! Z druhého miesta vyštartuje Jarno Trulli, ktorý na Buttona stratil len 0,092 sekundy. Tretie miesto obsadil Sebastian Vettel, ktorý ale pre penalizáciu odštartuje až z 13. miesta.
Výsledky:
| Por. | # | Pilot | Team | Čas Q1 | Čas Q2 | Čas Q3 | |
| 1. | 22 | Jenson Button | Brawn-Mercedes | 1:35.058 | 1:33.784 | 1:35.181 | 18 |
| 2. | 9 | Jarno Trulli | Toyota | 1:34.745 | 1:33.990 | 1:35.273 | 20 |
| 3. | 15 | Sebastian Vettel | RBR-Renault | 1:34.935 | 1:34.276 | 1:35.518 | 17 |
| 4. | 23 | Rubens Barrichello | Brawn-Mercedes | 1:34.681 | 1:34.387 | 1:35.651 | 20 |
| 5. | 10 | Timo Glock | Toyota | 1:34.907 | 1:34.258 | 1:35.690 | 24 |
| 6. | 16 | Nico Rosberg | Williams-Toyota | 1:35.083 | 1:34.547 | 1:35.750 | 21 |
| 7. | 14 | Mark Webber | RBR-Renault | 1:35.027 | 1:34.222 | 1:35.797 | 19 |
| 8. | 5 | Robert Kubica | BMW Sauber | 1:35.166 | 1:34.562 | 1:36.106 | 19 |
| 9. | 4 | Kimi Raikkonen | Ferrari | 1:35.476 | 1:34.456 | 1:36.170 | 17 |
| 10. | 7 | Fernando Alonso | Renault | 1:35.260 | 1:34.706 | 1:37.659 | 15 |
| 11. | 6 | Nick Heidfeld | BMW Sauber | 1:35.110 | 1:34.769 | 14 | |
| 12. | 17 | Kazuki Nakajima | Williams-Toyota | 1:35.341 | 1:34.788 | 13 | |
| 13. | 1 | Lewis Hamilton | McLaren-Mercedes | 1:35.280 | 1:34.905 | 13 | |
| 14. | 2 | Heikki Kovalainen | McLaren-Mercedes | 1:35.023 | 1:34.924 | 14 | |
| 15. | 11 | Sebastien Bourdais | STR-Ferrari | 1:35.507 | 1:35.431 | 16 | |
| 16. | 3 | Felipe Massa | Ferrari | 1:35.642 | 4 | ||
| 17. | 8 | Nelsinho Piquet | Renault | 1:35.708 | 11 | ||
| 18. | 21 | Giancarlo Fisichella | Force India-Mercedes | 1:35.908 | 8 | ||
| 19. | 20 | Adrian Sutil | Force India-Mercedes | 1:35.951 | 10 | ||
| 20. | 12 | Sebastien Buemi | STR-Ferrari | 1:36.107 | 9 | ||
