Kvalifikácii na VC Japonska vyhral Sebastian Vettel a udržal tak pri živote svoje nádeje v boji o víťazstvo v šampionáte. Miesto v prvom rade získal na domácej pôde Toyoty Jarno Trulli, tretí skončil Lewis Hamilton. Kvalifikáciu poznačilo niekoľko nehôd.
Tá prvá prišla hneď v úvodnej časti, keď Sébastien Buemi nezvládol svoje vozidlo v nájazde do deviatej zákruty, ktorá predchádza prejazdu pod mostom. Švajčiar narazil zadnou časťou auta do bariér, ale dokázal sa vrátiť do boxov a nakoniec aj postúpiť do druhej časti, aj keď potom na trati ešte stratil časť krytu motora.
Liuzzi navyše dostane penalizáciu za výmenu prevodovky.
Najdramatickejší priebeh mala však prostredná časť kvalifikácie. Merané kolo stihol v jej úvode zabehnúť len Räikkönen a traťoví komisári už mávali červenými vlajkami kvôli nehode Jaimeho Alguersuariho. Španiel naboúral na rovnakom mieste ako tímový kolega Buemi. Chvíľu mu trvalo, než vystúpil z vozidla, ale potom sa vrátil do boxov a rozdával rozhovory.
Horšie dopadol Timo Glock. Po reštarte kvalifikácie zajazdil merané kolo len Jarno Trulli a jeho nemecký tímový kolega už búral v nájazde na cieľovú rovinku. Glock bol viac otrasený ako Alguersuari, z vozidla mu pomáhali lekári. Podľa správ dostupných po kvalifikácii si poranil nohu, bolí ho chrbát a bol prevezený do nemocnice na ďalšie vyšetrenie. V hre je tak znovu Kobajaši, ktorý Glocka zastupoval vo voľných tréningoch.
Po druhom reštarte prostrednej časti kvalifikácie sa vrhli všetci jazdci na trať, ale prišla ďalšia nehoda. Svoj automobil opäť nezvládol Sébastien Buemi, tentoraz na výjazde zo 13. zákruty a po kontakte s bariérami zostali ležať na trati časti jeho vozidla, vrátane predného krídla. Švajčiar došiel do boxov a jeho čas mu dokonca stačil na postup.
Niekoľko jazdcov zašlo svoje postupové časy vo chvíli, keď sa kvôli nehode Buemiho mávalo žltými vlajkami, patrí medzi nich Barrichello a Button. Výsledky kvalifikácie teda ešte nemusia byť definitívne.
Na začiatku tretej časti kvalifikácie ešte nikto nemal ani jedno merané kolo, keď prišla ďalšia nehoda. Kovalainen skončil na rovnakom mieste ako Alguersuari. Horúcou chvíľku si v deviatej zákrute Fín prežil už v prvej časti kvalifikácie, ale auto v tú chvíľu ešte zvládol. V tretej časti už nie. Prišlo ďalšie prerušenie.
Keď bola opäť otvorená boxová ulička, vyšlo na trať už len osem jazdcov. Najrýchlejší z nich bol Vettel, nasledovaný Trullim a Hamiltonom. Force Indiu vrátil na predné pozície štvrtý Adrian Sutil.
Výsledky kvalifikácie na VC Japonska:
| 1 | Sebastian Vettel | Red Bull-Renault | 1:30,883 | 1:30,341 | 1:32,160 | - | |
| 2 | Jarno Trulli | Toyota | 1:31,063 | 1:30,737 | 1:32,220 | + 0,060 | |
| 3 | Lewis Hamilton | McLaren-Mercedes | 1:30,917 | 1:30,627 | 1:32,395 | + 0,235 | |
| 4 | Adrian Sutil | Force India-Mercedes | 1:31,386 | 1:31,222 | 1:32,466 | + 0,306 | |
| 5 | Rubens Barrichello | Brawn-Mercedes | 1:31,272 | 1:31,055 | 1:32,660 | + 0,500 | |
| 6 | Nick Heidfeld | BMW-Sauber | 1:31,501 | 1:31,260 | 1:32,945 | + 0,785 | |
| 7 | Jenson Button | Brawn-Mercedes | 1:31,041 | 1:30,880 | 1:32,962 | + 0,802 | |
| 8 | Kimi Räikkönen | Ferrari | 1:31,228 | 1:31,052 | 1:32,980 | + 0,820 | |
| 9 | Heikki Kovalainen | McLaren-Mercedes | 1:31,499 | 1:31,223 | |||
| 10 | Sébastien Buemi | Toro Rosso-Ferrari | 1:31,196 | 1:31,103 | |||
| 11 | Nico Rosberg | Williams-Toyota | 1:31,286 | 1:31,482 | |||
| 12 | Fernando Alonso | Renault | 1:31,401 | 1:31,638 | |||
| 13 | Robert Kubica | BMW-Sauber | 1:31,417 | 1:32,341 | |||
| 14 | Timo Glock | Toyota | 1:31,550 | ||||
| 15 | Jaime Alguersuari | Toro Rosso-Ferrari | 1:31,571 | ||||
| 16 | Giancarlo Fisichella | Ferrari | 1:31,704 | ||||
| 17 | Kazuki Nakajima | Williams-Toyota | 1:31,718 | ||||
| 18 | Romain Grosjean | Renault | 1:32,073 | ||||
| 19 | Vitantonio Liuzzi | Force India-Mercedes | 1:32,087 | ||||
| 20 | Mark Webber | Red Bull-Renault |
