Celú sobotu popoludní pršalo a prvú obeť si mokrá trať vybrala hneď v prvej časti, po štyroch minútach jázd nezvládol svoje Ferrari Giancarlo Fisichella v Sennovej S a zostal stáť na trati, pretože mu zhasol motor. Talian tak odstartuje do závodu z posledného miesta.
Červené vlajky znamenali prvé prerušenie, ktoré ale trvalo dlho, pretože vedenie závodu čakalo, až zoslabne dážď. Po reštarte začala bitka o postup do druhej časti, ktorú nezvládol Sebastian Vettel. Ten chcel v Interlagose vyhrať, aby sa udržal v boji o titul, kvalifikačný výsledok ale znamená ťažkú ranu.
Nedarilo sa ani jazdcom McLarenu, Hamilton dokonca jeden zo svojich pokusov prehnal a v šmyku vyšiel mimo trať. Vozidlo síce nepoškodil, ale postupový čas nezašiel a spolu s tímovým kolegom Kovalainenom v prvej časti skončil. Predposledný nepostupujúcí bol Nick Heidfeld.
Úvod druhej časti priniesol ďalšie prerušenie. Vitantonio Liuzzi nezvládol svoj monopost pri brzdení na konci cieľovej rovinky a skončil v bariére. Pri svojom výlete mimo trať so sebou skoro vzal Kimiho Räikkönena, ktorý išiel pred ním.
Dážď v Interlagos v tú dobu zosilnel a vedenie závodu neustále odsúvalo reštart druhej časti. Prišiel až o 21:10 stredoeurópskeho času a rozpútala sa ďalší bitka o postup. Nepostúpili Kobajaši, Alguersuari, Grosjean, Button. Vedúci jazdec šampionátu bol totiž zo všetkých jazdcov na trati najpomalší. Zrejme doplatil na to, že na rozdiel od rivalov nevymenil mokré pneumatiky za prechodné.
Záverečná časť kvalifikácie sa už odohrala bez problémov, jazdci krúžili jedno kolo za druhým a poradie sa neustále menilo. Radosť domácim fanúšikom nakoniec priviezol Rubens Barrichello, v prvom rade s ním bude stáť Mark Webber.
Výsledky kvalifikácie na VC Barzílie 2009:
| 1 | Rubens Barrichello | Brawn-Mercedes | 1:24,100 | 1:21,659 | 1:19,576 | - |
| 2 | Mark Webber | Red Bull-Renault | 1:24,722 | 1:20,803 | 1:19,668 | + 0,092 |
| 3 | Adrian Sutil | Force India-Mercedes | 1:24,447 | 1:20,753 | 1:19,912 | + 0,336 |
| 4 | Jarno Trulli | Toyota | 1:24,621 | 1:20,635 | 1:20,097 | + 0,521 |
| 5 | Kimi Räikkönen | Ferrari | 1:23,047 | 1:21,378 | 1:20,168 | + 0,592 |
| 6 | Sébastien Buemi | Toro Rosso-Ferrari | 1:24,591 | 1:20,701 | 1:20,250 | + 0,674 |
| 7 | Nico Rosberg | Williams-Toyota | 1:22,828 | 1:20,368 | 1:20,326 | + 0,750 |
| 8 | Robert Kubica | BMW-Sauber | 1:23,072 | 1:21,147 | 1:20,631 | + 1,055 |
| 9 | Kazuki Nakajima | Williams-Toyota | 1:23,161 | 1:20,427 | 1:20,674 | + 1,098 |
| 10 | Fernando Alonso | Renault | 1:24,842 | 1:21,657 | 1:21,422 | + 1,846 |
| 11 | Kamui Kobayashi | Toyota | 1:24,335 | 1:21,960 | ||
| 12 | Jaime Alguersuari | Toro Rosso-Ferrari | 1:24,773 | 1:22,231 | ||
| 13 | Romain Grosjean | Renault | 1:24,394 | 1:22,477 | ||
| 14 | Jenson Button | Brawn-Mercedes | 1:24,297 | 1:22,504 | ||
| 15 | Vitantonio Liuzzi | Force India-Mercedes | 1:24,645 | |||
| 16 | Sebastian Vettel | Red Bull-Renault | 1:25,009 | |||
| 17 | Heikki Kovalainen | McLaren-Mercedes | 1:25,052 | |||
| 18 | Lewis Hamilton | McLaren-Mercedes | 1:25,192 | |||
| 19 | Nick Heidfeld | BMW-Sauber | 1:25,515 | |||
| 20 | Giancarlo Fisichella | Ferrari | 1:40,703 |
